1.瓊脂糖凝膠電泳后無PCR擴增產物條帶
主要表現(xiàn):Marker及對照條帶均正常,但檢測樣本無條帶。
原因分析:1.反應條件不合適:PCR過程中退火溫度過高,退火延伸時間不足,反應循環(huán)數(shù)過少。
2.核酸模板濃度或純度低:普通PCR的檢測敏感度有限,樣本核酸含量低或者含有抑制物。
3.反應體系與核酸擴增不匹配:檢測體系中的Mg2+濃度,dNTPs量或Buffer與目標核酸擴增所需條件不匹配。
4.引物設計不當或者發(fā)生降解:存在引物二聚體或二級結構,引物稀釋后未分裝儲存條件不適宜或者反復凍融次數(shù)過多。
解決方案:1.優(yōu)化反應條件,梯度摸索退火溫度,延長退火延伸時間,增加反應循環(huán)數(shù)(30-45區(qū)間為宜)。
2.對核酸模板進行純化,或使用商業(yè)化核酸提取試劑盒進行提取,增加核酸模板的上樣量。
3.優(yōu)化反應體系(預混體系除外),改變檢測體系中的Mg2+濃度及dNTPs用量,更換體系中Buffer。
4.重新設計引物,避免引物二聚體和鏈內二級結構,在一次稀釋引物后可分裝成多支小管,減少反復凍融次數(shù)。